「サイト」の表示では、例えば example.com/page1 と example.com/page2 などを、ひとつに束ねて example.com/ として集計しているため、サイト単位のアクセス量を知ることができます。

「URL」の表示の方は束ねずに集計しています。

サイトによっては subdomain.example.com/ とか、あるいは無料ブログ_などでは example.com/userid/ という単位で束ねた方が好ましいケースもあります。その場合は:gear:のアイコンから、そのサイトにあった束ね方を指定してください。

HTML内の<a>タグが実際にクリックされたことを検出しています。JavaScriptによるページ遷移は、クリック先として解析されていません。

アフィリエイト広告のクリックは基本的には解析できません。なぜならそれらの多くは<iframe>タグの中に描画されているためです。このタグの内側は外部サイトとして扱われるため、セキュリティ上の理由からのビジターの挙動の観測が許可されません。

サイト外のURLだけでなく、サイト内のURLがクリック先として記録されることがあります。

それは、ジャンプ先のページが正常に開かなかった場合や、ジャンプ先のページに解析タグが設置されていなかった場合に起こります。リンク先が.zipファイルや画像ファイルだった場合も同様です。